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2021/2/15に商業・法人登記オンライン申請システムの変更がありましたが、印鑑の提出・廃止の詳細について法務省のアナウンスがありました。
今まで印鑑の提出については頑なに書面での提出にこだわっていた法務省ですが、完全オンライン化へ各方面から要求が厳しいのでしょうか、ここへきてオンラインでの提出を認めることになりました。但し、通常の印鑑届書ではなく、オンライン専用の印鑑届書で届ける必要があります（様式は上記サイトにひな型があります）。
令和３年２月１５日に商業登記規則等の一部を改正する省令が施行されることにより、同日から、
１ オンライン申請の場合には、印鑑の提出が任意になります。
２ 印鑑届書の提出及び商業登記電子証明書の請求が、オンラインで行えるようになります。
３ 登記の申請や印鑑証明書の請求などで使用することができる電子証明書の種類が広がります。
ついでに、「スーパー・ファストトラック・オプション」（定款認証・設立登記のオンライン同時申請）も同日から利用可能になります。
印鑑を提出しない場合に、商業登記電子証明書ではなく、マイナンバーカードに格納した代表者個人の電子証明書で申請ができるようになったり、今よりはだいぶ融通が利くようになります。
詳細は法務省のリリースをご覧ください。
テレビ電話方式による定款認証は、公証役場に行かなくてよいというメリットがありましたが、発起人が電子証明書を持っている必要があったためなかなか利用が進みませんでした。
委任状及び印鑑証明書が郵送されており、テレビ電話等を利用する時点で原本確認が可能な場合にも、テレビ電話等の利用を可能にするという改正省令が令和２年７月６日施行予定とされていましたが、前倒しで令和2年５月１１日から施行されることになりました。
電子定款だけでなく、電子私署証書の場合でも利用可能です。
（情報元）
日司連専発第11号
令和２年（2020年）４月９日
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その後法務省からもリリースが出ました。
定款認証を含む電磁的記録の認証手続について，より広くテレビ電話等を利用して行うことが可能となりました
やや唐突な印象を受けるのですが、2020年1月14日から標題の改正があります。
1) QRコード（二次元バーコード）付き書面申請
電子証明書を持っていない方（個人・法人）でも、法務省の申請用総合ソフトを利用することで、QRコード付き書面申請ができます。メリットとしては、進捗がオンラインで確認できたり、完了時等に通知メールがもらえるなど。
電子証明書で署名するタイプのオンライン申請でも、結局添付書類を法務局に送るか持ち込むかするので、申請工程は似たような感じになりますね。ただ、資格者が代理人として申請する場合に使うと、資格者かどうか電子証明書で判別できないので、どうなんだろうという気もします（欄外に職印を押せばよいのでしょうが）。
2) 登記事項証明書（不動産登記）の様式変更
不動産登記の登記事項証明書に、物件を特定するための情報としてQRコードが付くようになります。
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2020/1/16追記
法務局から詳細のリリースが出ました（下記）。
公証人が、株式会社並びに一般社団法人及び一般財団法人の定款を認証する際に、これらの法人の実質的支配者となるべき者について、暴力団員又は国際テロリストに該当するか否かなどの申告を受ける等の措置を講ずるための公証人法施行規則の改正が平成３０年１１月３０日に予定されています。
司法書士業務にどのような変更があるのか、詳細が決まりましたら、またお知らせします。
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2018/11/8追記
公証人連合会のHPに記載が追加されました。
下記書式を使って、代理認証の場合は、代理人が申告することになるようです。
http://www.koshonin.gr.jp/news/nikkoren/20181130.html
平成28年のNPO法人法改正のうち、貸借対照表の公告に関する部分が、平成30年10月1日から施行されます。
NPO法人の登記事項から「資産の総額」が削られる代わりに、貸借対照表の公告が必要になります。
なお、公告の方法としては、下記のいずれかが利用可能です。
変更したい場合は、定款変更が必要です。
平成３０年３月１２日より、商業・法人登記申請をする際に商号・名称のフリガナも併せて書き添えることになります。
（法務省）商業・法人登記申請書に法人名のフリガナ欄を追加します
そして、そのフリガナ情報が平成３０年４月２日以降順次、国税庁の法人番号公表サイトで公開されます。
フリガナは、法人の種類を表す部分（「株式会社」､「一般社団法人」など）を除いて、片仮名で、スペースを空けずに詰めて記載します。
商業・法人登記申請の機会がない場合には、フリガナに関する申出書(※)を管轄の法務局に提出して、フリガナを登録することもできます（手数料はかかりません。）。
※ 申出書には、法人の代表者が管轄法務局に提出している印鑑を押します。
外国会社の場合は、税務署に提出した届出書等に記載したフリガナが公表されます。
オンライン申請の場合については触れられていないのですが、その他事項欄にでも記載するのでしょうかね。
既に通達（商業登記規則等の一部を改正する省令の施行に伴う商業・法人登記事務の取扱いについて（通達）〔平成２８年６月２３日付法務省民商第９８号〕・商業登記規則等の一部を改正する省令の施行に伴う商業・法人登記事務の取扱いについて（依命通知）〔平成２８年６月２３日付法務省民商第９９号〕）等で案内がされているところでありますが、平成28年10月1日から株主総会決議や株主の同意が必要となる登記で株主リストの添付が必要となります。
今回、株主リストのひな型等が法務省から公開されました（こちら）。
対象は株式会社・投資法人・特定目的会社です。元々マネロン対策的な意味合いがあるようなので、お金が大きく動きそうな法人限定なんでしょうかね？
合同会社やNPO法人、各種社団・財団法人等は添付不要です。
（１）マイナンバーがらみで登記簿の記載事項の変更と、（２）登記簿のオンライン化がらみで昔から提案としてあがっていた登記事項証明書の添付省略について改正があります。
まず１番目として、法務省のリリースによると「会社法人等番号が登記簿に記録されることとなり、登記事項証明書の様式が変更されます。」とありますが、今の登記簿（登記事項証明書）にも会社法人等番号が記載されています。記載例によると、これが罫線の枠内（商号の上）に記載されるようになります（ちなみに、マイナンバー制度で法人に指定される法人番号（13桁）は、登記簿に記載された会社法人等番号（12桁）の前に1桁の数字を足したものです）。
２番目は、登記の際に登記事項証明書の添付が要求されているケースで、会社法人等番号を記載することにより登記事項証明書の添付省略ができるようになります。
添付省略できるとは言っても、司法書士の立場としては内容を確認しなくてはなりませんので、登記の際には少なくとも最近の登記事項証明書のコピーは拝見したいところですし、不動産登記なら原本も確認したいので悩ましい改正です。
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2015/10/7追記
※支店・従たる事務所の登記記録については、従来どおりの付番方法が行われていましたが、平成２７年１０月５日から、支店・従たる事務所の登記記録については、会社法人等番号が付されないこととなり、会社法人等番号に代わって管理番号が付されることとなりました。
２月下旬に商業登記規則改正が予定されていますが、登記の添付書類に関する重要な変更が含まれております。
■就任承諾書
（現行）
取締役会設置会社の場合、代表権のない取締役・監査役については住所・氏名等を証明する書類は不要。また、就任承諾書に住所の記載は不要。
（改正後）
就任承諾書に住所の記載が必要。また、就任承諾書記載の住所氏名が確認できる住民票（又はこれに準ずる公的証明書）の添付が必要。
《取締役等の「本人確認証明書」の例》
（※ 裏面もコピーし，本人が「原本と相違がない。」と記載して，記名押印する必要があります。）
※外国人の場合は、上記のほか、下記のものが本人確認証明書に該当します。
（外国語で記載されたものは日本語の訳文が必要）
■辞任届
（現行）
法務局に印鑑を登録した役員の辞任届に押す印鑑は、認印でＯＫ。
（改正後）
法務局に印鑑を登録した役員の辞任届には個人の実印を押し、印鑑証明書（市区町村発行）を添付。但し、辞任届に法務局登録印を押した場合は、印鑑証明書不要。
この改正は、設立後の役員変更登記だけではなく、設立登記（会社分割等によるもの含む）についても適用されます。２月後半以降、登記を予定されている方はご注意ください。
■旧姓併記
役員就任の登記に当たり、戸籍上の氏名に加え、婚姻前の旧姓を記録するよう申し出ることができるようになります。この登記をする場合は、婚姻前の氏を証する書面（戸籍謄本等）を添付する必要があります。既に登記されている役員については、施行日から６月以内に限り、婚姻前の氏の記録の申出をすることができます。
施行日等、詳細がわかりましたら更新します。
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2015/2/3追記
施行日が平成27年2月27日となりました。
法務省のサイトでも発表されました（下記）。
http://www.moj.go.jp/MINJI/minji06_00085.html
（魚拓）
就任承諾書の添付書類もアップデートしました。
