既に通達（商業登記規則等の一部を改正する省令の施行に伴う商業・法人登記事務の取扱いについて（通達）〔平成２８年６月２３日付法務省民商第９８号〕・商業登記規則等の一部を改正する省令の施行に伴う商業・法人登記事務の取扱いについて（依命通知）〔平成２８年６月２３日付法務省民商第９９号〕）等で案内がされているところでありますが、平成28年10月1日から株主総会決議や株主の同意が必要となる登記で株主リストの添付が必要となります。

今回、株主リストのひな型等が法務省から公開されました（こちら）。

対象は株式会社・投資法人・特定目的会社です。元々マネロン対策的な意味合いがあるようなので、お金が大きく動きそうな法人限定なんでしょうかね？
合同会社やNPO法人、各種社団・財団法人等は添付不要です。

平成２８年６月２８日以降、商業登記の申請書に添付する外国人の署名証明書については、当該外国人が居住する国等に所在する当該外国人の本国官憲が作成したものでも差し支えないこととされました。

法務省のリリースはこちら。

従来は、本人確認証明書としては認められていましたが、印鑑証明書の代わりとしては、本国or日本の官憲が作成した証明書（本国以外の居住国はNG）だけでした。法務局によってばらつきもあったと思いますので、統一したということでしょうか。

例えば、香港に住んでいる英国籍の方が日本で会社を設立するために署名証明書を作成する場合、今までは、英国に行って英国で作成するか、日本に来て日本の英国大使館で作成する必要がありました（従来は香港の英国大使館はNG。今回の変更でOKになります。但し、上申書が必要）。

2016/7/4補足：やむを得ない事情があれば日本の公証人の証明もOKになっています（下記追記もご覧ください）。

今回の解釈変更により、多少実務がスムーズになることと思います。

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2016/7/4追記
「登記の申請書に押印すべき者が外国人であり，その者の印鑑につき市町村長の作成した証明書を添付することができない場合等の取扱いについて（通達）」（平成２８年６月２８日法務省民商第１００号民事局長通達）が発出されているので通達を確認しました。

本国官憲（日本における権限がある官憲含む）の認証が受けられない場合は、本人の上申書（当該外国人の本国の法制上の理由等の真にやむを得ない事情から、当該署名が本人のものであることの本国官憲の作成した証明書を取得することができない理由を説明）＋（居住地の官憲or日本の公証人の証明）があれば、印鑑証明書の代わりに使えるとのこと。