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2021/2/15に商業・法人登記オンライン申請システムの変更がありましたが、印鑑の提出・廃止の詳細について法務省のアナウンスがありました。
今まで印鑑の提出については頑なに書面での提出にこだわっていた法務省ですが、完全オンライン化へ各方面から要求が厳しいのでしょうか、ここへきてオンラインでの提出を認めることになりました。但し、通常の印鑑届書ではなく、オンライン専用の印鑑届書で届ける必要があります（様式は上記サイトにひな型があります）。
令和３年２月１５日に商業登記規則等の一部を改正する省令が施行されることにより、同日から、
１ オンライン申請の場合には、印鑑の提出が任意になります。
２ 印鑑届書の提出及び商業登記電子証明書の請求が、オンラインで行えるようになります。
３ 登記の申請や印鑑証明書の請求などで使用することができる電子証明書の種類が広がります。
ついでに、「スーパー・ファストトラック・オプション」（定款認証・設立登記のオンライン同時申請）も同日から利用可能になります。
印鑑を提出しない場合に、商業登記電子証明書ではなく、マイナンバーカードに格納した代表者個人の電子証明書で申請ができるようになったり、今よりはだいぶ融通が利くようになります。
詳細は法務省のリリースをご覧ください。
テレビ電話方式による定款認証は、公証役場に行かなくてよいというメリットがありましたが、発起人が電子証明書を持っている必要があったためなかなか利用が進みませんでした。
委任状及び印鑑証明書が郵送されており、テレビ電話等を利用する時点で原本確認が可能な場合にも、テレビ電話等の利用を可能にするという改正省令が令和２年７月６日施行予定とされていましたが、前倒しで令和2年５月１１日から施行されることになりました。
電子定款だけでなく、電子私署証書の場合でも利用可能です。
（情報元）
日司連専発第11号
令和２年（2020年）４月９日
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その後法務省からもリリースが出ました。
定款認証を含む電磁的記録の認証手続について，より広くテレビ電話等を利用して行うことが可能となりました
令和2年3月17日より、完全オンライン申請による株式会社と合同会社の設立登記につき、24時間以内に終わらせる試みが始まります。
完全オンラインなんて何人使うかわかりませんが、日本でも会社設立は24時間でできる仕組みになってますよと（完全オンラインだけですが）、何が何でもアピール（海外に？）したいのでしょうか。
合同会社はよいとして、株式会社は払込証明書に会社実印（法務局に登録予定の印鑑）を押さないといけませんが、このあたりもマイナンバーカードの電子署名でいいよという通達でも出るのでしょうか。
なお、会社法の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（令和元年法律第７１号）による商業登記法（昭和３８年法律第１２５号）第２０条等の規定を削除する改正（印鑑提出の任意化）の施行前においては、印鑑届書が提出されるまで登記が完了しません。
やや唐突な印象を受けるのですが、2020年1月14日から標題の改正があります。
1) QRコード（二次元バーコード）付き書面申請
電子証明書を持っていない方（個人・法人）でも、法務省の申請用総合ソフトを利用することで、QRコード付き書面申請ができます。メリットとしては、進捗がオンラインで確認できたり、完了時等に通知メールがもらえるなど。
電子証明書で署名するタイプのオンライン申請でも、結局添付書類を法務局に送るか持ち込むかするので、申請工程は似たような感じになりますね。ただ、資格者が代理人として申請する場合に使うと、資格者かどうか電子証明書で判別できないので、どうなんだろうという気もします（欄外に職印を押せばよいのでしょうが）。
2) 登記事項証明書（不動産登記）の様式変更
不動産登記の登記事項証明書に、物件を特定するための情報としてQRコードが付くようになります。
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2020/1/16追記
法務局から詳細のリリースが出ました（下記）。
令和元年(2019)10月1日より、商業登記申請書類の保存期間延長(現行の5年から10年に)が予定されております。
具体的には、商業登記規則(昭和39年法務省令第23号)第34条第4項第3号及び第4号を改正し、受付帳及び申請書類の保存期間を10年間とします。
さすがに5年は短かったので、少し便利になりますね。
「『登記・法人設立等関係手続の簡素化・迅速化に向けたアクションプラン』に基づ
く会社の設立登記の優先処理について」という通達が出ています〔平成３０年２月８日付法務省民商第１９号〕。
平成30年3月12日より、株式会社と合同会社の設立登記は、補正等がない限り原則３日以内に完了させ、登記申請の多い時期（４，６，７月）についても、できる限り頑張るということだそうです。
早くなるのはよいことですが、他の登記にしわ寄せが来たりするんでしょうか。
平成３０年３月１２日より、商業・法人登記申請をする際に商号・名称のフリガナも併せて書き添えることになります。
（法務省）商業・法人登記申請書に法人名のフリガナ欄を追加します
そして、そのフリガナ情報が平成３０年４月２日以降順次、国税庁の法人番号公表サイトで公開されます。
フリガナは、法人の種類を表す部分（「株式会社」､「一般社団法人」など）を除いて、片仮名で、スペースを空けずに詰めて記載します。
商業・法人登記申請の機会がない場合には、フリガナに関する申出書(※)を管轄の法務局に提出して、フリガナを登録することもできます（手数料はかかりません。）。
※ 申出書には、法人の代表者が管轄法務局に提出している印鑑を押します。
外国会社の場合は、税務署に提出した届出書等に記載したフリガナが公表されます。
オンライン申請の場合については触れられていないのですが、その他事項欄にでも記載するのでしょうかね。
既に通達（商業登記規則等の一部を改正する省令の施行に伴う商業・法人登記事務の取扱いについて（通達）〔平成２８年６月２３日付法務省民商第９８号〕・商業登記規則等の一部を改正する省令の施行に伴う商業・法人登記事務の取扱いについて（依命通知）〔平成２８年６月２３日付法務省民商第９９号〕）等で案内がされているところでありますが、平成28年10月1日から株主総会決議や株主の同意が必要となる登記で株主リストの添付が必要となります。
今回、株主リストのひな型等が法務省から公開されました（こちら）。
対象は株式会社・投資法人・特定目的会社です。元々マネロン対策的な意味合いがあるようなので、お金が大きく動きそうな法人限定なんでしょうかね？
合同会社やNPO法人、各種社団・財団法人等は添付不要です。
平成２８年６月２８日以降、商業登記の申請書に添付する外国人の署名証明書については、当該外国人が居住する国等に所在する当該外国人の本国官憲が作成したものでも差し支えないこととされました。
法務省のリリースはこちら。
従来は、本人確認証明書としては認められていましたが、印鑑証明書の代わりとしては、本国or日本の官憲が作成した証明書（本国以外の居住国はNG）だけでした。法務局によってばらつきもあったと思いますので、統一したということでしょうか。
例えば、香港に住んでいる英国籍の方が日本で会社を設立するために署名証明書を作成する場合、今までは、英国に行って英国で作成するか、日本に来て日本の英国大使館で作成する必要がありました（従来は香港の英国大使館はNG。今回の変更でOKになります。但し、上申書が必要）。
2016/7/4補足：やむを得ない事情があれば日本の公証人の証明もOKになっています（下記追記もご覧ください）。
今回の解釈変更により、多少実務がスムーズになることと思います。
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2016/7/4追記
「登記の申請書に押印すべき者が外国人であり，その者の印鑑につき市町村長の作成した証明書を添付することができない場合等の取扱いについて（通達）」（平成２８年６月２８日法務省民商第１００号民事局長通達）が発出されているので通達を確認しました。
本国官憲（日本における権限がある官憲含む）の認証が受けられない場合は、本人の上申書（当該外国人の本国の法制上の理由等の真にやむを得ない事情から、当該署名が本人のものであることの本国官憲の作成した証明書を取得することができない理由を説明）＋（居住地の官憲or日本の公証人の証明）があれば、印鑑証明書の代わりに使えるとのこと。
